തദ്ദേശീയ വൈദ്യസമ്പ്രദായങ്ങളായ ആയുർവേദം,യുനാനി,സിദ്ധ,ഹോമിയോപ്പതി എന്നിവ തുടക്കത്തിൽ നാട്ടുചികിത്സാവകുപ്പിന് കീഴിലാണ് കേരളത്തിൽ പ്രവർത്തിച്ചു വന്നത് .1972 ൽ ഹോമിയോപ്പതിക്ക്‌ പ്രത്യേകവകുപ്പ് നിലവിൽ വന്നു .1979 വരെ എല്ലാ സർക്കാർ ആയുർവേദ ആശുപത്രികളും ഡിസ്പെൻസറികളും ആയുർവേദ കോളേജുകളും ഒരൊറ്റ ഡിപ്പാർട്മെന്റിന് കീഴിലാണ് പ്രവർത്തിച്ചുകൊണ്ടിരുന്നത് .എന്നാൽ ജി ഒ (എം.എസ്) നമ്പർ 115/1979/എച്ച്ഡി ഡിടിഡി 21/6/1979 പ്രകാരം ആയുർവേദ കോളേജുകൾ പ്രത്യേക ഡിപ്പാർട്മെന്റിന് കീഴിൽ വരികയും തിരുവനന്തപുരം ആയുർവേദ കോളേജിലെ പ്രിൻസിപ്പലിനെ ഡിപ്പാർട്മെന്റ് ഡയറക്ടറുടെ ചുമതലയിൽ നിയമിക്കുകയും ചെയ്തു

ജി ഒ(ആർ ടി)2649/79/എച്ച്ഡി ഡിടിഡി 20/09/1979 പ്രകാരം, നാട്ടുചികിത്സാവകുപ്പിനെ ഭാരതീയ ചികിത്സാ വകുപ്പെന്നും, ഡയറക്ടർ നാട്ടുചികിത്സാ വകുപ്പ് എന്ന ഔദ്യോഗിക സ്ഥാനം ഡയറക്ടർ ഭാരതീയ ചികിത്സാ വകുപ്പ് എന്നും പുനർനാമകരണം ചെയ്തു . 2016-ൽ ആയുഷ് വകുപ്പ് സ്ഥാപിതമായപ്പോൾ, ആരോഗ്യ കുടുംബക്ഷേമവകുപ്പിന് കീഴിൽ പ്രവർത്തിച്ചിരുന്ന ഭാരതീയ ചികിത്സാവകുപ്പ് ആയുഷ് വകുപ്പിന്റെ അവിഭാജ്യ ഘടകമായി മാറി.