ആയുഷ് സെക്രട്ടറിയുടെ ഭരണനിർവ്വഹണ നേതൃത്വത്തിൽ ആയുഷ് ഡിപ്പാർട്മെന്റിന്റെ കീഴിലാണ് ഭാരതീയ ചികിത്സാവകുപ്പ് പ്രവർത്തിക്കുന്നത്. 2 ജോയിന്റ് ഡയറക്ടർമാർ, ഒരു സീനിയർ അഡ്മിനിസ്ട്രേറ്റീവ് ഓഫീസർ, ഒരു അക്കൗണ്ട്സ് ഓഫീസർ, അഡ്മിനിസ്ട്രേറ്റീവ് അസിസ്റ്റന്റ് എന്നിവരുടെ പിന്തുണയോടെ ഭാരതീയ ചികിത്സാവകുപ്പ് ഡയറക്ടർ സംസ്ഥാന തലത്തിൽ വകുപ്പിനെ നിയന്ത്രിക്കുകയും ചെയ്യുന്നു. സംസ്ഥാന തലസ്ഥാനമായ തിരുവനന്തപുരത്ത് ആണ് ഡയറക്ടറേറ്റ് സ്ഥിതി ചെയ്യുന്നത് .  ജില്ലാതല ഭരണം അതത് ജില്ലകളിലെ ജില്ലാ മെഡിക്കൽ ഓഫീസർമാർക്കാണ്.

എല്ലാ ആയുർവേദ, യോഗ, പ്രകൃതിചികിത്സ, യുനാനി, സിദ്ധ ആശുപത്രികളുടെയും ഡിസ്പെൻസറികളുടെയും ചാർജ് അതാത് ജില്ലാ മെഡിക്കൽ ഓഫീസർമാരുടെ കീഴിൽ പ്രവർത്തിക്കുന്ന ചാർജ് മെഡിക്കൽ ഓഫീസർമാർക്കാണ്.

തിരുവനന്തപുരം ജില്ലയിൽ വർക്കല പ്രകൃതിചികിത്സ ആശുപത്രി, ഗവൺമെന്റ് ആയുർവേദ റിസർച്ച് ഇൻസ്റ്റിറ്റ്യൂട്ട് ഫോർ മെന്റൽ ഡിസീസസ് കോട്ടക്കൽ മലപ്പുറം, കേരള ഇൻസ്റ്റിറ്റ്യൂട്ട് ഓഫ് സ്പോർട്സ് ആയുർവേദ ആൻഡ് റിസേർച്ച്‌ തൃശ്ശൂർ എന്നിവ ഇന്ത്യൻ സിസ്റ്റംസ് ഓഫ് മെഡിസിൻ ഡയറക്ടറുടെ നേരിട്ടുള്ള നിയന്ത്രണത്തിലാണ് പ്രവർത്തിക്കുന്നത്. 

നിലവിൽ, 5456 ജീവനക്കാർ ഡിപ്പാർട്ട്‌മെന്റ് ഓഫ് ഇന്ത്യൻ സിസ്റ്റംസ് ഓഫ് മെഡിസിനിൽ വിവിധ കേഡറുകളിലായി,  സമഗ്രമായ പൊതുജനാരോഗ്യ സംരക്ഷണം കേരള സമൂഹത്തിലെ എല്ലാ വിഭാഗങ്ങളിലേക്കും എത്തിക്കുക എന്ന പ്രതിജ്ഞാബദ്ധമായ കാഴ്ചപ്പാടോടെ പ്രവർത്തിക്കുന്നു.