ഇന്ത്യൻ സിസ്റ്റംസ് ഓഫ് മെഡിസിൻ വകുപ്പ് ആയുഷ് കേരള വകുപ്പിന് കീഴിലാണ് പ്രവർത്തിക്കുന്നത്, അതിന്റെ തലവൻ ആയുഷ് സെക്രട്ടറിയാണ്. 2 ജോയിന്റ് ഡയറക്ടർമാർ, ഒരു അഡ്മിനിസ്ട്രേറ്റീവ് ഓഫീസർ, ഒരു അക്കൗണ്ട്സ് ഓഫീസർ, അഡ്മിനിസ്ട്രേറ്റീവ് അസിസ്റ്റന്റ്മാർ എന്നിവരുടെ പിന്തുണയോടെ ഇന്ത്യൻ സിസ്റ്റംസ് ഓഫ് മെഡിസിൻ ഡയറക്ടർ സംസ്ഥാന തലത്തിൽ വകുപ്പിനെ നിയന്ത്രിക്കുകയും നിയന്ത്രിക്കുകയും ചെയ്യുന്നു. സംസ്ഥാന തലസ്ഥാനമായ തിരുവനന്തപുരത്തുള്ള ഇന്ത്യൻ സിസ്റ്റംസ് ഓഫ് മെഡിസിൻ ഡയറക്ടറേറ്റിലാണ് ഈ വകുപ്പിന്റെ ആസ്ഥാനം. ജില്ലാതല ഭരണം അതത് ജില്ലകളിലെ ജില്ലാ മെഡിക്കൽ ഓഫീസർമാർക്ക് നിയോഗിക്കപ്പെടുന്നു. എല്ലാ ആയുർവേദ, യോഗ, പ്രകൃതിചികിത്സ, യുനാനി, സിദ്ധ ആശുപത്രികളും ഡിസ്പെൻസറികളും അതത് ജില്ലാ മെഡിക്കൽ ഓഫീസർമാരുടെ കീഴിൽ പ്രവർത്തിക്കുന്ന ചാർജ് മെഡിക്കൽ ഓഫീസർമാരാണ് നടത്തുന്നത്. ഗവൺമെന്റ് ആയുർവേദ റിസർച്ച് ഇൻസ്റ്റിറ്റ്യൂട്ട് ഫോർ മെന്റൽ ഡിസീസസ് കോട്ടക്കൽ, മലപ്പുറം, കേരള ഇൻസ്റ്റിറ്റ്യൂട്ട് ഓഫ് സ്പോർട്സ് ആയുർവേദ ആൻഡ് റിസർച്ച്, തൃശൂർ എന്നിവയും ഡയറക്ടറുടെ നേരിട്ടുള്ള നിയന്ത്രണത്തിലാണ് പ്രവർത്തിക്കുന്നത്. നിലവിൽ, 5,456 ജീവനക്കാർ ഇന്ത്യൻ സിസ്റ്റംസ് ഓഫ് മെഡിസിൻ വകുപ്പിൽ വിവിധ സാങ്കേതിക, സപ്പോർട്ടീവ് കേഡറുകളിലായി ജോലി ചെയ്യുന്നു.