ബഹു. ആയുഷ് സെക്രട്ടറിയുടെ ഭരണ നേതൃത്വത്തിൽ ആയുഷ് വകുപ്പിന് കീഴിലാണ് ഭാരതീയ ചികിത്സാ വകുപ്പ് പ്രവർത്തിക്കുന്നത്. ബഹു. ആയുർവേദ ഡയറക്ടർ ഭരണനേതൃത്വം കൊടുക്കുന്ന ഭാരതീയ ചികിത്സാ വകുപ്പിൽ രണ്ട് ജോയിന്റ് ഡയറക്ടർമാർ ഉപചുമതലകൾ നിർവഹിക്കുന്നു. അഡ്മിനിസ്ട്രേറ്റീവ് ഓഫീസർ, അക്കൗണ്ട്സ് ഓഫീസർ, അഡ്മിനിസ്ട്രേറ്റീവ് അസിസ്റ്റന്റ് എന്നിവർ ഡയറക്ടറേറ്റിൽ ഭരണനിർവഹണത്തിനു ഡയറക്ടറെ സഹായിക്കുന്നു.14 ജില്ല മെഡിക്കൽ ഓഫീസർമാർ, ഡിസ്പെൻസറികളിലും ആശുപത്രികളിലും ചാർജ് മെഡിക്കൽ ഓഫീസർമാർ, മറ്റ് ജീവനക്കാർ അങ്ങനെ 5457 ജീവനക്കാർ അടങ്ങുന്ന ആരോഗ്യനിർവ്വഹണ വിഭാഗമാണ് ഭാരതീയ ചികിത്സാവകുപ്പ്. ആയുർവ്വേദം, സിദ്ധ, യോഗ & നാച്ചുറോപ്പതി, യുനാനി എന്നീ മേഖലകളിലെ എല്ലാ ആശുപത്രികളും ഡിസ്പെൻസറികളും അതാത് ജില്ലാ മെഡിക്കൽ ഓഫിസർമാരുടെ കീഴിലാണ് പ്രവർത്തിക്കുന്നത്. തിരുവനന്തപുരം ജില്ലയിൽ വർക്കല പ്രകൃതിചികിത്സ ആശുപത്രി, കോട്ടക്കലിലെ സർക്കാർ ആയുർവേദ മാനസികാരോഗ്യ ഗവേഷണ സ്ഥാപനം, തൃശ്ശൂരിലെ കേരള ഇൻസ്റ്റിറ്റ്യൂട്ട് ഓഫ് സ്പോർട്സ് ആയുർവേദ ആൻഡ് റിസർച്ച് എന്നിവ ഡയറക്ടറുടെ നേരിട്ടുള്ള നിയന്ത്രണത്തിലാണ് പ്രവർത്തിക്കുന്നത്.